Vědecká práce ústavu probíhá v mezinárodním kontextu (viz dále) a kromě standardních jazyků (moderních i klasických) se zaměřuje na ohrožené jazyky a kultury, které jsou v současném globalizovaném světě velmi sledovaným problémem – také např. ze strany European Science Foundation. Naše práce má interdisciplinární charakter, probíhá v návaznosti na středoevropskou filologickou tradici a lingvistickou a literární teorii Pražské školy. Ta je navíc obohacena o antropologické a religionistické metody výzkumu, a zejména o terénní výzkum v cílových oblastech. Přehledný vědecký a pedagogický profil ústavu je z jiného pohledu podán v Koncepci rozvoje ústavu.
Mongolistika
etnografie komunikace u mongolských nomádů: metaforika nomádské řeči v Mongolsku a obrazomalebná slova (iconopoeia) jako klíč k modalitě v komunikaci; interpretace metafor Tajné kroniky Mongolů – diachronický pohled na komunikační chování
sociolingvistická situace v moderní mongolštině: lexikální a syntaktické změny v mongolštině v souvislosti s novými komunikačními situacemi, dynamika cizí slovní zásoby v současné mongolštině a jazykové plánování v Mongolsku
opakované dlouhodobé terénní výzkumy v centrální Asii, do nichž jsou v současnosti intenzivně zapojeni studenti magisterského a doktorského studia – výzkum šamanských obřadů, snů nomádů; dokumentace materiální kultury jednotlivých etnik
sběr jazykového materiálu mongolských a maňdžu-tunguských jazyků (např. monguor, šive), záznam orální tradice každodennosti
Tibetanistika
gramatický systém moderní lhasské tibetštiny
ohrožené náboženské tradice v okrajových částech etnického Tibetu (Dolpo, Amdo), historie náboženských tradic Tibetu